W środę nad Polską przemieszczał się front atmosferyczny związany z niżem znad Ukrainy. Chmury frontu, spychane przez siłę odśrodkową wirującego niżu, były spychane głównie nad zachodnią i południowa Polskę. W centrum i na północnym wschodzie występowały przejaśnienia.

Zgodnie z ruchem powietrza w układzie niżowym (przeciwnym do ruchu wskazówek zegara) do Polski zachodniej napływało z północy chłodniejsze powietrze, co doprowadziło to sporego kontrastu termicznego między zachodnią (4-8 stopni) a wschodnią częścią kraju (około 10-15 stopni).

Choć trąby powietrzne są u nas rzadkością (przeciętnie w roku obserwuje się ich od 1 do 4) i występują głównie w ciepłej porze roku (od czerwca do sierpnia), to jednak warunki panujące 16 kwietnia (różnica właściwości odmiennych mas powietrza stykających się ze sobą na froncie, różnica temperatur i dostatecznie silna operacja słoneczna podczas przejaśnień) okazały się wystarczające do rozwoju tego groźnego zjawiska.

Zimne powietrze napływające z północy wdzierało się pod cieplejszą masę unosząc ją w górę, gdzie na skutek ochłodzenia w wyższych warstwach atmosfery, powstawały chmury. Mając dobre warunki rozwoju, zwłaszcza tam, gdzie zasilane były energią słoneczną na obszarze z przejaśnieniami – rozbudowywały się stając się chmurami kłębiastymi deszczowymi – Cumulonimbus.

Trąba powietrzna jest silnym wirem powietrza o niewielkiej średnicy - od kilku do kilkudziesięciu metrów i pionowej lub skośnej osi obrotu względem powierzchni Ziemi. Wyrasta zwykle w przedniej części chmury burzowej Cumulonimbus (Cb) w postaci leja skierowanego ku powierzchni Ziemi. Lej ten obniża się stopniowo, przy czym jego przekrój zwęża się. Następuję wtedy – analogicznie jak u baletnicy, która wiruje tym szybciej im bliżej ciała trzyma ręce – wzrost prędkości wiatru (która w dobrze rozwiniętej trąbie powietrznej może osiągać nawet 50-100 m/s. Pod wpływem wielkich prędkości wiatru rozwija się siła odśrodkowa, na skutek której masy powietrza rozpływają się na boki, natomiast w środku wiru ciśnienie znacznie spada w stosunku do otaczającego - o kilkadziesiąt, a nawet 100 hPa. Gdy wir dotyka ziemi, panujące w nim podciśnienie powoduje zasysanie przedmiotów z powierzchni ziemi, a silny wiatr i siła odśrodkowa odrzucają je czasem na znaczne odległości, siejąc spustoszenie w promieniu kilku kilometrów. Wir jest widoczny jako charakterystyczny ciemny słup u podstawy ciemnej i rozległej chmury Cumulonimbus.

Podczas sytuacji obserwowanej w województwie kujawsko-pomorskim, prędkości wiatru przy powierzchni ziemi osiągały około 120km/h. Trąbie powietrznej towarzyszył silny opad deszczu i grad wielkości około 1cm.